PLC應用程序應最大限度地滿足被控對象的控制要求，在構思程序主體的框架后，要以它為主線，逐一編寫實現各控制功能或各子任務的程序。經過不斷調整和完善，使程序能完成所要求的控制功能。另外，PLC應用程序通常還應包括以下幾個方面的內容： 1、初始化程序在PLC上電后，一般都要做一些初始化的操作。其作用是為啟動作必要的準備，并避免系統發生誤動作。初始化程序的主要內容為：將某些數據區、計數器進行清零；使某些數據區恢復所需數據；對某些輸出量置位或復位；顯示某些初始狀態等等。 2、信號檢測、故障診斷、數據顯示、設備聯絡等內容均可以作為常規預留。這些內容可以在程序設計基本完成時再進行添加。它們也可以是相對獨立的程序段。 3、保護、連鎖程序。各種應用程序中，保護和連鎖是不可缺少的部分。它可以杜絕由于非法操作而引起的控制邏輯混亂，保證系統的運行更安全、可靠。因此要認真考慮保護和連鎖的問題。通常在PLC外部也要設置連鎖和保護措施。 4、PLC主體程序和子程序。這是直接跟工藝控制相關的邏輯與運算，一般都可以按照空間或時間來分類編寫子程序，每一個子程序最好預先分配足夠的獨立的數據存儲區域或數據塊，程序變量名稱統一規劃，繁雜的地方一定要詳細注釋。貫通工藝，充分采集設備參數和操作人員的需求信息，才能編寫出一套易于驗收的合格程序。 對同一個控制要求，即使選用同一個機型的PLC，用不同設計方法所編寫的程序，其結構也可能不同。盡管幾種程序都可以實現同一控制功能，但是程序的質量卻可能差別很大。程序的質量可以由以下幾個方面來衡量： 應用程序的好壞，最根本的一條就是正確。所謂正確的程序必須能經得起系統運行實踐的考驗，離開這一條對程序所做的評價都是沒有意義的。
好的應用程序可以保證系統在正常和非正常（短時掉電再復電、某些被控量超標、某個環節有故障等）工作條件下都能安全可靠地運行，也能保證在出現非法操作（如按動或誤觸動了不該動作的按鈕）等情況下不至于出現系統控制失誤。 PLC控制的優越性之一就是靈活性好，容易通過修改程序或參數而改變系統的某些功能。例如，有的系統在一定情況下需要變動某些控制量的參數（如定時器或計數器的設定值等），在設計程序時必須考慮怎樣編寫才能易于修改。 編寫的程序應盡可能簡練，減少程序的語句，一般可以減少程序掃描時間，提高PLC對輸入信號的響應速度。當然，如果過多地使用那些執行時間較長的指令，有時雖然程序的語句較少，但是其執行時間也不一定短。 程序不僅僅給設計者自己看，系統的維護人員也要讀。另外，為了有利于交流，也要求程序有一定的可讀性。
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